Lokale Visualisierung

Für die lokale Visualisierung müssen die Dateien über die SSH Verbindung auf den lokalen Rechner kopiert werden. Dann die Visualisierungsdateien in Paraview öffnen.

Eine weitere Möglichkeit besteht in der Nutzung von sshfs, mit dem sich entfernte Verzeichnisse über SSH in das lokale System einbinden lassen.

Visualisierung mit VNC: Einmalige Vorbereitung

Zur Vorbereitung für die Verwendung von VNC müssen wir zunächst ein Passwort für die VNC Sitzungen festlegen und dazu ein .vnc Verzeichnis im eigenen Home anlegen:

$ mkdir $HOME/.vnc
$ vncpasswd

vncpasswd fragt dann nach einem Passwort, dass Sie für Ihre VNC Sitzungen verwenden möchten, und einer Bestätigung desselben. Sie können auch ein Passwort für Read-Only Zugriff vergeben, so dass andere ihrer Sitzung zuschauend beitreten könnten. Das benötigen wir hier nicht.

Eine Visualisierungssitzung starten

Für die VNC Sitzungen verwenden wir den gemeinsam genutzten vis Knoten.

Um dort eine VNC Sitzung zu starten, submittieren wir entsprechend einen Job:

qsub -l select=1:node_type=vis:ncpus=1:mem=16gb,walltime=02:00:00 -I -q vis

Nachdem dieser mit einer interaktiven Shell losgelaufen ist, laden wir die benötigten Module und starten den VNC server:

module load vis/VirtualGL
turbovncserver

Von diesem merken wir uns den Knoten und das Display (z.Bsp.: n002701:1). Dadurch sollte auch ein Startup-Skript .vnc/xstartup.turbovnc erstellt werden, dass etwa folgenden Inhalt haben sollte:

#!/bin/sh
#
#HLRS_291018rs xstartup.turbovnc
#

gnome-terminal &

icewmbg -i /opt/hlrs/non-spack/vis/VirtualGL/bg_images/HLRS_icewm_bg.png &
icewm

Falls es anders ist und die Session nicht funktioniert, bitte die startup Datei entsprechend ersetzen.

Auf dem eigenen Rechner brauchen wir nun einen VNC client, beispielsweise den TurboVNC oder TigerVNC. Dann verbinden wir uns mit der VNC session über den vncviewer:

vncviewer -via username@training.hlrs.de n002701:1

Falls der vncviewer kein -via unterstützt, müssen wir einen separaten SSH Tunnel für die Verbindung in einer weiteren Shell starten als Port verwenden wir dabei 5900 + display number (für obiges Beispiel):

ssh -N -L 5901:n002701:5901 <user>@training.hlrs.de

Mit diesem Tunnel, sollte es dann möglich sein den vncviewer zu starten mit:

vncviewer localhost:1

In dieser session dann ein Terminal öffnen und:

module load vis/paraview
vglrun paraview

Alternative mit lokalem Paraview und Paraview-Server

Anstatt die Visualisierung in einer VNC Session auf dem Cluster durchzuführen, können wir auch einen lokalen Paraview Client verwenden und diesen mit einem pvserver auf dem Visualisierungsknoten verbinden.

Dazu brauchen wir eine Paraview Installation in Version 5.9.1 auf dem lokalen Computer. Die Version ist dabei wichtig, da der Server sonst die Verbindung verweigert. Dieses Vorgehen ist tendenziell langsamer als die Verwendung der VNC Session, braucht aber weniger Schritte.

Zunächst starten wir einen Job, der einen pvserver zur Verfügung stellt:

qsub -I -l select=1:node_type=vis:ncpus=1:mem=16gb,walltime=02:00:00 -q smp

Oder auf einem der SKL Knoten:

qsub -I -l select=1:node_type=skl:ncpus=1:mem=16gb,walltime=02:00:00 -q smp

In der interaktiven Shell führen wir dann den pvserver aus:

module load vis/paraview
pvserver

Der pvserver gibt uns dann die Info, wie wir uns mit ihm verbinden können, etwa so:

Connection URL: cs://n002701:11111
Accepting connection(s): n002701:11111

Um ein lokales Paraview mit dem pvserver zu verbinden, muss zunächst ein SSH Tunnel angelegt werden dies funktioniert nach folgendem Schema:

ssh -N -L 11111:n002701:11111 <user>@training.hlrs.de

Diese Shell muss nun im Hintergrund offen bestehen bleiben, während das Paraview ausgeführt wird.

Dann können wir das Paraview auf dem eigenen Computer starten und mit dem pvserver über den Tunnel verbinden. Auf der Kommandozeile funktioniert das mit:

paraview -url=cs://localhost:11111

ssh -L XXXXX:localhost:XXXXX <user>@training.hlrs.de /opt/hlrs/non-spack/vis/paraview/ParaView-5.9.1-MPI-Linux-Python3.8-64bit/bin/pvserver --server-port=XXXXX --disable-xdisplay-test

paraview -url=cs://localhost:XXXXX

ssh -R XXXXX:localhost:XXXXX <user>@training.hlrs.de /opt/hlrs/non-spack/vis/paraview/ParaView-5.9.1-MPI-Linux-Python3.8-64bit/bin/pvserver --reverse-connection --client-host=localhost --server-port=XXXXX --disable-xdisplay-test

<Servers>
  <Server name="training.hlrs.de" configuration="" resource="csrc://localhost:XXXXX" timeout="-1">
    <CommandStartup>
      <Command process_wait="0" delay="5" exec="ssh">
        <Arguments>
          <Argument value="-R"/>
          <Argument value="XXXXX:localhost:XXXXX"/>
          <Argument value="scaXXXXX@training.hlrs.de"/>
          <Argument value="/opt/hlrs/non-spack/vis/paraview/ParaView-5.9.1-MPI-Linux-Python3.8-64bit/bin/pvserver"/>
          <Argument value="--reverse-connection"/>
          <Argument value="--client-host=localhost"/>
          <Argument value="--server-port=XXXXX"/>
          <Argument value="--disable-xdisplay-test"/>
        </Arguments>
      </Command>
    </CommandStartup>
  </Server>
</Servers>